예금보험공사는 1996년 예금자보호법에 의거하여 금융회사가 파산 등으로 예금을 지급할 수 없는 경우 예금지급을 보장함으로써 예금자를 보호하고 금융제도의 안정성을 유지할 목적으로 설립된 기관이다.
예금보험제도를 통해 금융회사의 보험료, 정부와 금융회사의 출연금, 예금보험기금채권 등으로 예금보험기금을 조성해두었다가 금융회사가 고객들에게 예금을 지급하지 못하는 경우에 대신 지급해주는 것이 주요 업무이다.
동 기금의 손실을 최소화하기 위해 금융회사의 경영분석 등을 통해 부실 가능성을 조기에 파악하고 있으며, 부실금융회사에 대한 구조조정을 추진하여 금융시스템을 안정화하는 역할도 담당한다.
다만 예금보험공사에서 보호하는 금융회사는 은행, 증권투자매매·중개업을 인가받은 회사(증권사, 선물사, 자산운용사 등), 보험회사, 상호저축은행, 종합금융회사 등이다.따라서 농협은행 및 수협은행 본·지점의 예금은 예금자보호법에 따라 예금자 원금과 소정의 이자를 포함하여 1인당 5천만원까지 보호되지만 농·수협 지역조합의 예금은 예금자보호법에 따른 보호대상이 아니며 대신, 각 중앙회가 자체적으로 설치, 운영하는 「상호금융예금자보호기금」을 통하여 보호하고 있다.
신용협동조합과 새마을금고도 각 신용협동조합중앙회에 설치된 예금자보호기금과 ‘새마을금고법’에 따라 새마을금고중앙회에 설치된 예금자보호준비금에 의해 1인당 5천만원까지 예금을 보호한다.
외화표시예금은 2008년 11월 3일부터 원화로 환산한 금액 기준으로 예금자 1인당 5천만원 범위 내에서 보호된다.
또한 기업 등 법인의 예금도 개인예금과 마찬가지로 법인별로 5천만원까지 보호된다. 다만, 정부·지방자치단체·한국은행·금융감독원·예금보험공사 및 부보금융회사의 예금은 보호대상에서 제외된다.